Sanktuarium w ciągu setek lat rozkwitu przechodziło różne trudności.W XV wieku ogromnych zniszczeń dokonali husyci. Klasztor popadł również w ruinę podczas wojn (Krzeszów)

Sanktuarium w ciągu setek lat rozkwitu przechodziło różne trudności.W XV wieku ogromnych zniszczeń dokonali husyci. Klasztor popadł również w ruinę podczas wojny trzydziestoletniej. Ciosem dla opactwa była aneksja Śląska przez Prusy w 1741r. To wówczas zdewastowano powstałe kilka lat wcześniej Mauzoleum Piastów, wywieziono gromadzone archiwum i ogromną bibliotekę.